Zoë lập tức lên nắm quyền và ép Theodora quay trở lại tu viện, nhưng cả Viện Nguyên lão và dân chúng đều lên tiếng đòi hai người nên đồng trị vì.[32] Hành động đầu tiên của Theodora trong cương vị mới là kêu gọi chị mình không nên thỏa thuận với Mikhael V. Zoë quá yếu đuối và dễ bị thao túng muốn tha thứ và trả tự do cho Mikhael trái lại Theodora thì cương nghị và cứng rắn. Lúc đầu bà đảm bảo tính mạng của Mikhael sẽ được an toàn trước khi ra lệnh chọc mù mắt và đẩy ông vào tu viện làm tu sĩ suốt phần đời còn lại.[33][34] Khi đã giải quyết xong chuyện Mikhael V, Theodora từ chối rời khỏi Nhà thờ Hagia Sophia cho đến khi nhận được tin từ Zoë, 24 giờ sau Theodora làm lễ đăng quang.[35] Trên danh nghĩa, Theodora chỉ là Nữ hoàng có thứ bậc thấp hơn chị mình nên ngôi vị của bà còn phải phụ thuộc vào Zoë mỗi lần thiết triều. Cả hai chị em về sau đều nắm quyền bính của đế quốc, tập trung kiềm chế việc buôn bán chức tước và thực thi công lý.[36] Dù Mikhael Psellos coi thời kỳ chấp chính của hai nữ hoàng là một thất bại hoàn toàn, sử gia Ioannes Skylitzes trái lại cho rằng họ rất tận tâm trong việc chấn chỉnh sự lạm quyền từ các đời vua trước.[37]

Mặc dù Theodora và Zoë xuất hiện cùng nhau tại các cuộc họp của Viện Nguyên lão hay khi tiếp kiến quần thần, điều này chứng tỏ rằng triều đại đồng trị vì của họ không kéo dài được bao lâu.[38] Zoë vẫn còn ghen ghét đố kị với Theodora và chẳng màng gì đến chính sự, nhưng bà không cho phép Theodora độc chiếm quyền hành. Triều đình sớm phân chia bè phái với những thế lực ngầm hình thành sau lưng mỗi người.[38] Sau hai tháng mâu thuẫn dâng lên, Zoë quyết định tìm kiếm một người chồng mới—là lần thứ ba và cũng là lần cuối cùng bà được phép dựa theo các quy định của Giáo hội Chính Thống giáo[7]—như vậy không cho Theodora có cơ hội gia tăng ảnh hưởng, bắt nguồn từ tài năng trị quốc bẩm sinh của mình.[39] Nữ hoàng ra sức chiều chuộng Konstantinos Dalassenos mà tiên đế từng có ý định gả cho bà vào năm 1028, nhưng sau khi ông ta tỏ vẻ coi thường nữ hoàng thì bà gạt bỏ ngay lập tức.[38] Lựa chọn tiếp theo của nữ hoàng là kết hôn với Konstantinos Atroklines, một đại thần mà mọi người hay đồn đại là từng dan díu dưới thời Romanos III.[18] Ông qua đời vài ngày trước khi đám cưới diễn ra trong hoàn cảnh bí ẩn, có thể do chính bà vợ cũ đầu độc.[38] Zoë sau đó quay sang nhớ nhung người tình cũ đẹp trai và tao nhã Konstantinos Monomachos.[18] Cặp đôi đã kết hôn vào ngày 11 tháng 6 năm 1042, mà không có sự tham dự của Thượng phụ Alexios I thành Constantinopolis, vốn cực lực phản đối việc cử hành hôn lễ lần thứ ba (đối với cả hai vợ chồng).[40] Ngày hôm sau Konstantinos chính thức lên ngôi hoàng đế cùng với Zoë và Theodora phụ chính.

Trái với những gì Zoë mong đợi từ khi Konstantinos quyết định mang theo ý chung nhân Maria Skleraina.[41] Không hài lòng bằng việc nhập cung, ông khăng khăng đòi được phép công khai mối tình của mình và trao cho Skleraina một chút danh phận chính thức.[42] Điều đáng ngạc nhiên ở chỗ Zoë lúc này đã 64 tuổi không phản đối chung chăn gối và vị thế với Skleraina. Hai nữ hoàng đã ban cho Skleraina tước hiệu sebaste và địa vị của cô chỉ đứng sau Zoë và Theodora, được gọi là despoina, tình nhân hay nữ hoàng, giống như họ và chỉ xếp thứ yếu trong những buổi rước kiệu và nghi lễ chính thức.[7] Thế nhưng, ân sủng nồng hậu dành cho tình nhân của Konstantinos IX đã gây nên tiếng xấu trong mắt dư luận, và cuối cùng bắt đầu lan truyền những tin đồn rằng Skleraina đang định mưu sát Zoë và Theodora.[43] Điều này đã khiến cư dân thành Constantinopolis phẫn nộ và dấy loạn vào năm 1044, gây nguy hại thực sự đến tính mạng của Konstantinos đang tham dự một đám rước tôn giáo dọc theo đường phố Constantinopolis.[44] Đám đông chỉ dịu lại chỉ khi Zoë và Theodora xuất hiện trên ban công cung điện, trấn an thần dân rằng họ chưa gặp bất kỳ nguy cơ ám sát nào cả.[44]

Dưới thời kỳ trị vì của Konstantinos, Zoë sẵn sàng giao lại việc quân quốc đại sự cho chồng mình. Kể từ đó, nữ hoàng chỉ chuyên tâm vào những sở thích riêng tư mà chẳng màng gì đến chính sự,[45] và căn phòng của bà trong cung luôn chất đống nào những chậu và chảo đun sôi để sản xuất thuốc mỡ và nước hoa.[7] Zoë kết hôn lần đầu khi đã năm mươi tuổi và tiếp tục thành gia lập thất hai lần nữa bất chấp tuổi tác ngày càng cao. Trớ trêu thay, người chồng tài năng nhất của bà lại là một trong những người ít được chuẩn bị cho ngôi vị hoàng đế, Mikhael IV.[46] Người ta nói rằng bà sở hữu sắc đẹp chim sa cá lặn, và Mikhael Psellos trong bộ sử Chronographia có nhận xét rằng "từng phần trong cơ thể bà đều tráng kiện và ở vào tình trạng tốt."[47] Bà nhận thức được vẻ đẹp kiều diễm của mình và ý muốn gìn giữ và sử dụng càng lâu càng tốt. Với sự khéo léo điển hình của phụ nữ Đông La Mã, nữ hoàng có rất nhiều căn trong buồng phòng được đổi thành nơi thí nghiệm việc bào chế những loại thuốc mỡ bí mật, và bà có thể giữ khuôn mặt của mình sạch bóng các nếp nhăn cho đến sáu mươi tuổi.[7] Ít lâu sau nữ hoàng qua đời vì tuổi già sức yếu vào tháng 6 năm 1050.